De Tweede Wereldoorlog is verwoestend voor het bedrijf. In 1940 wordt het complex een eerste maal getroffen door Duitse bombardementen. Het bedrijf bevindt zich immers vlak bij het Kortrijkse rangeerstation. Op het einde van de oorlog wordt het nogmaals onder een bommenregen van de geallieerde luchtmacht bedolven. Velen laten hierbij het leven. Aan de materiële schade komt geen eind wanneer in 1947 nogmaals twee zware branden woeden. Naast de materiële schade en het verlies van vele mensenlevens, zijn de beschuldigingen van economische collaboratie aan het adres van Jozef De Coene en de finale veroordeling in 1946 een scharniermoment in de geschiedenis van het bedrijf. Onder de Duitse bezetting werd onder toezicht verder gewerkt. De uitvoering van opdrachten voor de bezetter is de aanleiding tot de veroordeling. Het imago van De Coene krijgt een zware klap. Gedurende 7 jaar wordt onder sekwesterbeheer gewerkt onder zware afbetalingsmodaliteiten van de opgelegde schadevergoedingen. Jozef De Coene, de bezieler van het bedrijf, overlijdt in 1950 als een gebroken man. Pas in 1952 kan de familie opnieuw het heft in handen nemen onder leiding van Pol Provost samen met Adolf jr. en Pierre De Coene.

In deze turbulente periode is het tevens zoeken naar nieuwe wegen. Verder bouwend op de Art Deco evolueert de De Coene-stijl in de meubelen naar een uitgepuurde klassiek-eenvoudige stijl waarin men toch reeds tekenen van een meer moderne vormgeving kan herkennen. Houtverwerking blijft echter centraal staan. Opdrachten van de overheid houden het bedrijf recht.